Installiere mal das Windows 2000 RessourceKit, da sollte shutdown mit darin sein.
Ansonsten rate ich dir zu alternativen Tools. Freeware.
Zum Beispiel:
http://www.winpoweroff.de.vu/
Wenn du in deinem Netzwerk einen XP-Rechner laufen hast, kannst du diesen den 2000-er Rechner herunterfahren lassen. 2000 kennt zwar den Shutdown-Befehl selbst nicht, führt ihn aber remote von einem XP-System gesendet anstandslos aus.
Haken dabei ist, daß der 2000-er bei shutdown -s nicht ganz abschaltet, sondern den von AT-Systemen bekannten Spruch "Sie können den Computer jetzt ausschalten" anzeigt. Netzverbindungen sind dann aber schon abgeklemmt, d.h. mit Ping erreichst du den Rechner dann nicht mehr.
Bedingung ist, daß der sendende XP-User auf dem 2000-er Adminrechte hat (hier könnte bei einem geplanten Task der Befehl "runas" weiterhelfen...).