In seltenen Fällen kann es beim scannen im abgesicherten Modus dazu kommen, dass wichtige infizierte Systemdateien gelöscht werden. Auch bringt das nichts bei einer Wareout Rootkit Infektion oder ähnlichem. Zumal die Virenscanner nur das erkennen was sie kennen und das ist erschreckend wenig.
Wichtig ist erstmal die Eindringlinge aufzuspüren und zu identifizieren. Also eine umfangreiche Analyse sollte gemacht werden, möglichst was wurde durch welche Malware wie manipuliert? Dann kann man entscheiden welche Maßnahmen sinnvoll sind, bzw. wie man von Hand die Reinigung (auch der Registery) durchführt.
Sollte man nicht selbst die Kenntnisse haben, sollte man in einem gutem Sicherheitsforum dann Rat holen.
Erste Ansätze für den Hausgebrauch sind sicherlich eine HijackThis Auswertung, die Verwendung von Autoruns und einen Onlinescan der nichts verändert wie von Kaspersky als zweite Meinung.
Edit
oder auch es auch über eine Bart PE versuchen zu bereingen
http://www.pcwelt.de/downloads/108595/index.html