Hallo!
Erstmal brauchst Du nur die Windows-CD.
Das Setup sagt Dir schon was zu tun ist und vor den Installieren wird eh formatiert. Du kannst da auch Partitionen anlegen.
Aber frag mich nicht ob das gut ist. Ich persönlich mach das immer hinterher mit Partition Magic.
Hier ne Anleitung wie man sein System neuaufsetzt:
Anleitung System neu aufsetzen (pdf)
gruß donkey