Moin!
Neben Trojanern ist häufig ein Treiberkonflikt, Konflikte mit Programmen die darauf zugreifen oder das Laufwerk selber die Usrsache.
Nachdem dein System sauber zu sein scheint, würde ich erstmal dort ansetzen!
Start>Ausführen>devmgmt.msc eingeben oder auf anderem Wege in den Gerätemanager gehen und dort mit rechter Maustaste auf das Laufwerk>deinstallieren.
Nun System neustarten und der Treiber wird automatisch neu installiert.
Bringt das auch keine Besserung, dann kannst du noch testweise in der Registry die Lower- und Upperfilter entfernen (Backup der Registry ANLEGEN) und neustarten.
Ansonsten kannst du auch ein Firmwareupdate in Erwägung ziehen. Dafür musst du das Laufwerk EINDEUTIG identifizieren und dann schauen, obs was nettes beim Hersteller zu finden gibt (ist in der Regel der Fall und kann definitiv nichts schaden

)
Auch mal die Verkabelung auf richtigen Sitz überprüfen und wenn möglich mal ein anderes IDE- bzw. SATA-Kabel verwenden.
Gruß Jo