Na wenn das so ist... wirds wohl ganz normal sein
Meine beiden Rechner (die sind grundverschieden) hängen auch immer 3-4 sekunden. 40 sec is schon sehr lang, aber scheinbar is alles OK, du hast ja schon vieles probiert.
Interessant wäre noch eine HDD von nem anderen Hersteller, da du ja gesagt hast, es tritt bei 2 Seagate Festplatten auf.
Ach ja, du könnstest mal im Boot-protokoll schauen ob da irgendwas auffälliges vermerkt ist.