Das ist mal eine sehr ausführliche Beschreibung des Rechners und des Problems.
Dieses Anhalten nach dem Welcome-Screen kommt mir bekannt vor. Kommt bei mir so ca. einmal im Monat vor. Auch ich weiß nicht recht, was ich davon halten soll. Wie ist es denn mit den Treibern (Chipsatz, GraKa)? Sind die aktuell?
Zu den Ordnern: Handelt es sich da um "gut gefüllte", wie z.B. C:\Windows\System32, oder ist das bei allen so?
Was startet denn so alles bei Dir im Autostart (siehe msconfig) mit?
Gruß Mike