Ich vermute mal das bei der Installation von XP was schiefgelaufen ist. Windows hat die Angewohnheit sich auf C zu installieren. Hatte selbst mal den Fall das sich teilweise Systemdateien trotz Installation auf Laufwerk D auch auf C installiert hatten, so dass alles durcheinander war.
Du kannst nur die Boot.ini ändern und den überflüssigen Eintrag löschen.
Bearbeiten der Datei Boot.ini in Windows XP
Allerdings lösche den richtigen Eintrag, sonst startet das System nicht mehr.