Wenn du VirtualDub nicht willst, dann vielleicht den vlc-Player? Dort kann man auch Logos einfügen, entweder im Menu unter Extras->Effekte und Filter-> logo, oder aber man startet vlc gleich mit den entsprechenden Parametern.
How to add logo - VideoLAN Wiki
Ansonsten geht es wohl auch irgendwie mit dem MovieMaker. Mit dem Google-Suchmuster "watermark movie maker" habe ich zB den folgenden Link gefunden:
Movie Maker Forums
Allerdings habe ich keine Ahnung ob es auch funktioniert. Ausprobieren kann ich es mangels MovieMaker auch nicht - daher ohne Gewähr.